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分子是物质中能够***存在的相对稳定并保持该物质物理化学特性的单元。分子由原子构成，原子通过一定的作用力，以一定的次序和排列方式结合成分子。以水分子为例，将水不断分离下去，直至不***水的特性，这时出现的单元是由两个氢原子和一个氧原子构成的一个水分子（H?O）。

分子结构或称分子立体结构、分子、分子几何，建立在光谱学一个水分子模型（水分子）数据之上，用以描述分子中原子的三维排列方式。分子结构在很大程度上影响了化学物质的反应性、极性、相态形状、颜色、磁性和生物活性。

很容易发生化学反应，由此可见自由基也具有分子的特征，所以把自由基归入分子的范畴。还有一种分子在基态时不稳定，但在激发态时却是稳定的，这种分子被称为准分子。从分子水平上研究各种自然现象的科学称为分子科学

分子的这种内部运动，并不会***分子的固有特性。通常所说的分子结构，是这些原子处在平衡位置时的结构。分子的内部运动，决定分子光谱的性质，因而利用分子光谱，可以研究分子内部运动情况。 分子的构型和构象相同成分的分子中，若原子的排列次序和排列方式不同，可形成不同的分子。